„Big RNA Data“ mit Alithea Genomics

Verfasst von Emily Locke

Nachdem wir in unserem letzten Blogartikel unseren neuen Partner NZYtech vorgestellt haben, freuen wir uns sehr, Ihnen mit Alithea Genomics einen weiteren Molekularbiologie-Spezialisten aus unserer Biomol-Familie zu präsentieren! Dieses Mal steigen wir noch tiefer in das faszinierende Gebiet der Molekularbiologie ein, denn bei Alithea dreht sich alles um „big RNA data“: Das Unternehmen mit Sitz in der Schweiz hat eine innovative RNA-Sequenzierungstechnologie entwickelt, die das Generieren von RNA-Daten für jeden zugänglich, schnell und kosteneffizient macht. Solche Daten können dabei helfen, neue Krankheiten zu identifizieren, Biomarker für klinische Indikationen zu bestimmen und wirksame Therapien zu entwickeln [1]. Daher ist Biomol stolz darauf, mit Alithea Genomics einen Partner gewonnen zu haben, dessen Produkte RNA-Sequenzierungsexperimente für Forschende weltweit ermöglichen!

Diese Themen warten auf Sie:

1) RNA-Sequenzierung im großen Stil

2) BRB-seq™ vereinfacht das Generieren großer RNA-Daten

3) Top-Produkte von Alithea Genomics

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RNA-Sequenzierung im großen Stil

Mit der RNA-Sequenzierung ist es möglich, das Transkriptom in einem bestimmten Gewebe zu einem bestimmten Entwicklungszeitpunkt zu sequenzieren [2]. Anhand dieser Momentaufnahme der vorhandenen RNA-Moleküle können Rückschlüsse auf die Genexpression gezogen und posttranskriptionale Modifikationen erkannt werden [1]. RNA-Daten stellen eine einzigartige Quelle für die Entdeckung neuer Biomarker, die Vorhersage von Krankheiten und die Entwicklung innovativer Medikamente dar. Daher ist die Möglichkeit zur schnellen und kostengünstigen Durchführung einer großen Anzahl von RNA-Sequenzierungsexperimenten ein konkretes Bedürfnis vieler Forschenden. Und genau dieses Bedürfnis erfüllen die Produkte von Alithea Genomics!

BRB-seq™ vereinfacht das Generieren großer RNA-Daten

Um RNA-Sequenzierung in großem Maßstab für alle verfügbar zu machen, haben die Gründer von Alithea Genomics eine neue Technologie entwickelt: das sogenannte Bulk RNA Barcoding and sequencing, oder kurz BRB-seq™ [3]. Die innovative Sequenzierungsmethode verwendet optimierte, barcodierte Primer, die sogenannten BRB-seq™-Oligos, welche RNA-Proben auf einzigartige und probenspezifische Weise markieren (Abb. 1). Durch die Verwendung dieser Oligos wird die Generierung konsistenter, reproduzierbarer und einheitlicher RNA-Sequenzierungsdaten möglich [4]. 

Abbildung 1: BRB-seq™, die innovative RNA-Sequenzierungstechnologie von Alithea Genomics. BRB-seq™ basiert auf den optimierten BRB-seq™-Oligos, welche aus einer Oligo-dT-Sequenz, einem eindeutigen molekularen Identifikator (unique molecular identifier, UMI), dem Proben-Barcode und einem Adapter zur Sequenzierungsoberfläche besteht. Die BRB-seq™-Oligos binden im ersten Schritt der Library Preparation an das 3‘-Ende eines zu sequenzierenden RNA-Moleküls und geben ihm damit eine probenspezifische Markierung [4].

Da das RNA-Barcoding am Anfang der Library Preparation steht, können die Proben in den weiteren Schritten gepoolt verarbeitet werden. Bis zu 384 Proben können durch die Technologie von Alithea Genomics in einem Reaktionsgefäß zusammen analysiert werden. Solch massives Probenmultiplexing führt zu einer drastischen Verringerung des Reagenzien- und Plastikverbrauchs sowie der manuellen Arbeitsschritte, weshalb die Hands-On-Zeit beim gesamten Workflow etwa 2,5 Stunden beträgt [4]. 

Zusätzlich ist die Technologie mit zahlreichen Probentypen kompatibel: von gereinigter RNA (BRB-seq) bis hin zu Zellen und Organoidlysaten (DRUG-seq) bietet Alithea Lösungen für vielfältiges Ausgangsmaterial. Darüber hinaus können die Kits sowohl mit Sequencern von Illumina™ als auch mit MGI-Geräten verwendet werden. Die erstklassigen Sequenzierungskits des Schweizer-Unternehmens machen die Generierung von RNA-Daten in großem Maßstab für jeden zugänglich. Wer noch nicht bereit ist, die Kits selbst anzuwenden, kann den zuverlässigen RNA-Sequenzierungsservice von Alithea nutzen und so seine Proben im Handumdrehen von Spezialisten analysieren lassen [4]. 

Noch nie war das Generieren von RNA-Daten so einfach, schnell und kosteneffizient. Überzeugen Sie sich jetzt selbst von den Vorteilen des BRB-seq™, der RNA-Sequenzierungstechnologie unseres neuen Partners Alithea Genomics!

Alle Produkte von Alithea Genomics

Quellen

[1] https://de.wikipedia.org/wiki/RNA-Sequenzierung, 31.01.2024

[2] https://theory.labster.com/de/rna-seq/, 31.01.2024

[3] Alpern, D., Gardeux, V., Russeil, J. et al. BRB-seq: ultra-affordable high-throughput transcriptomics enabled by bulk RNA barcoding and sequencing. Genome Biol 20, 71 (2019).

[4] https://alitheagenomics.com/, 31.01.2024